Сохраним сцену как map.tscn. Добавим в ресурсы несколько шестиугольных спрайтов.
Выделим TileMapLayer и в инспекторе установим для него новый TileSet. Перейдём в настройки TileSet, изменим Tile Shape на Hexagonal. Параметры Tile Size установим: x = 128, y = 128.
Выберем набор тайлов, нажмём + и добавим атлас. Выберем карту тайлов и кликнем по нужному тайлу — увидим, что спрайт не соответствует ячейке. Чтобы исправить это, изменим параметр The Offset Axis с Horizontal Offset на Vertical Offset.